In Atelier Shallie: Alchemists of the Dusk Sea können Spieler entweder in die Rolle der zurückhaltenden, fokussierten Shallistera schlüpfen, die sich auf eine Reise begibt, um ein Heilmittel für ihren kranken Vater zu finden, oder sich für die zielstrebige, lebhafte Shallotte entscheiden, die nach dem Tod ihres Vaters Probleme hat, einen erfolgreichen Alchemie-Workshop zu führen. Obwohl sich beide ganz und gar nicht ähnlich sind, teilen sie den Spitznamen “Shallie”. Den Grund dafür decken die Mädchen auf ihren Reisen auf.
